Pada awal sebelum Perang Dunia Kedua, Jabatan Imigresen melaksanakan tugas-tugas kawalan dan pemeriksaan imigresen. Tugas ini melibatkan pemeriksaan fizikal dan dokumen perjalanan di pintu-pintu masuk.

Pengurusan Imigresen ditadbir oleh seorang pegawai kanan Malaysian Civil Service dengan gelaran jawatan ‘Immigration Officer, Stearits Settlement and Federated Malay States’. Seorang Timbalan Pegawai Imigresen iaitu seorang pegawai polis secara pinjaman ditempatkan di Pulau Pinang, yang merupakan pintu masuk ke Malaya. Pintu-pintu masuk lain ialah Changloon, Padang Besar, Kroh dan Port Swettenham. Pusat Pentadbirannya terletak di Singapura.

Selepas Perang Dunia Kedua, Jabatan Imigresen dikenali sebagai “Refugees and Displaced Persons Bureau” yang berpusat di Kuala Lumpur dan diketuai oleh seorang pegawai British Military Administration. Tugas utamanya adalah membawa balik orang-orang yang terkandas di luar Negara akibat Perang Dunia Kedua.

Undang-undang Imigresen yang pertama ialah “Passenger Restriction Ordinance 1922” yang berkuatkuasa mulai 21 Julai 1922 iaitu bagi melaksanakan kawalan kemasukan ke Negara ini. Pada tahun 1930 “The Aliens Immigration Restrictions Ordinance” telah digubal untuk mengawal ketibaan dan kawalan ke atas buruh-buruh khususnya daripada China di mana sistem kuota digunakan. Kajian semula telah dibuat untuk tujuan langkah kawalan yang lebih ketat dengan penggubalan “The Aliens Ordinance 1932” yang berkuatkuasa mulai 1 April 1933. Perjanjian penubuhan Persekutuan Tanah Melayu dan pengisytiharan darurat pada tahun 1948 telah membawa kepada penggubalan undang-undang Imigresen dan paspot yang lebih sempurna seperti berikut:

• The Emergency (Travel Restriction) Regulation 1948
• The Passport Ordinance 1949
• The Passport Regulations 1949 dan
• The Emergency (Entry By Land From Thailand) Regulations 1949

Immigration Ordinance 1952, iaitu undang-undang utama imigresen menggantikan undang-undang yang digubal pada waktu darurat. Tujuan undang-undang ini adalah untuk mengadakan kawalan ke atas kemasukan semua Warganegara British, rakyat di bawah naungan British dan “Alien” ke Persekutuan Tanah Melayu dan juga berkuatkuasa di Singapura.

Pada masa itu Jabatan Imigresen diletakkan di bawah pentadbiran Kementerian Luar Negeri. Selain dari menguruskan kawalan ketibaan, Jabatan Imigresen juga dipertanggungjawabkan untuk:

• Mengeluarkan pasport di mana pejabat pengeluarannya bertempat di Singapura, Pulau Pinang, pejabat-pejabat Residen-residen dan Penasihat Inggeris.
• Pengurusan pengeluaran visa dan permohonan kewarganegaraan Negara-negara Komanwel bagi pihak Kerajaan Inggeris.

Selepas kemerdekaan, The Immigration Ordinance 1959, The Immigration Regulations 1959 dan The Passport Ordinance 1960 telah digubal bagi menggantikan The Immigration Ordinance 1952, The Passport Ordinance 1949 dan The Passport Regulations 1949. Undang-undang ini memperuntukkan lebih kuasa untuk mengawal kemasukan orang asing dan pelawat ke Persekutuan Tanah Melayu.

Pembentukan Malaysia pada tahun 1963 memperluaskan keperluan imigresen ke Sabah dan Sarawak. The Immigration (Transitional Provisions) Act 1963 digubal bagi memelihara kepentingan negeri-negeri tersebut. Selain daripada melaksanakan kawalan kemasukan bukan warganegara, pihak imigresen di Sabah dan Sarawak juga mengawal kemasukan warganegara dari semenanjung.

Pada tahun 1964, pengurusan hal ehwal imigresen dipindahkan daripada Kementerian Luar Negeri ke Kementerian Dalam Negeri dan pentadbiran imigresen mula dipegang oleh anak tempatan dengan perlantikan Encik Ibrahim Bin Ali sebagai Pengawal Imigresen Negara yang pertama pada 1 Januari 1967 dengan Ibu Pejabat yang berpusat di Jalan Tugu Kuala Lumpur pada 13 April 1965.

Pada 1 Disember 1971, pentadbiran Imigresen Negeri-negeri Tanah Melayu telah disatukan di bawah Ibu Pejabat Imigresen Malaysia. Undang-undang mengenai imigresen yang berkuatkuasa pada masa itu telah disemak semula dan disatukan pada tahun 1974 bagi memasukkan peruntukan-peruntukan khusus untuk Sabah dan Sarawak. The Immigration Act 1959/63 (Act No. 155) dan The Passport Act 1966 (Act No. 150) diperluaskan pemakaiannya ke seluruh negara. Akta ini telah dikemaskini dan dipinda dari masa ke semasa selaras dengan perkembangan semasa. Gelaran Pengawal Imigresen telah ditukar kepada Ketua Pengarah Imigresen pada tahun 1969.

Penubuhan Ibu Pejabat Jabatan Imigresen Malaysia adalah di negeri Pulau Pinang pada tahun 1947. Pada 13 April 1965, Ibu Pejabat Imigresen dipindahkan ke Jalan Tugu Kuala Lumpur. Perpindahan kedua pada Januari 1981 ke Bangunan Bukota, Jalan Pantai Baru Kuala Lumpur. Pada tahun 1988, Ibu Pejabat Imigresen sekali lagi berubah di mana pejabat ini dipindahkan ke Pusat Bandar Damansara Kuala Lumpur. Bermula pada September 2004, Ibu Pejabat Imigresen dipindahkan ke Wilayah Persekutuan Putrajaya. Perpindahan ini dilakukan secara berperingkat sebagai langkah untuk memastikan proses kerja dapat dijalankan dengan sempurna.